一九六九年生於北京，祖籍山東鄄城，一九八七年考入北京大學國際政治系，一九八八年秋天轉入歷史系。在校期間曾編輯多種刊物，且積極從事校園民主運動。一九八九年參與組織八九民運，為絕食發起人之一；「六四」後名列當局通緝二十一名學生領袖名單第一名，旋即被捕，並以「反革命宣傳煽動罪」被判四年徒刑。

獲釋後繼續從事政治反對運動，籌集「互助捐款」資助政治犯家屬，並發起公民上書運動。一九九五年再次被捕，以「陰謀顛覆政府罪」被判刑十一年；一九九八年四月在國際輿論壓力下提前被釋，流放到美國。曾三次被諾貝爾和平獎提名，並獲美國民主基金會人權獎等獎項。

之後進入哈佛大學深造，取得哈佛大學東亞系碩士、哈佛大學歷史系博士。曾任台灣中央研究院近代史研究所、美國加州大學洛杉磯分校中國研究中心等研究機構訪問學者，並於台灣多所大學講學。

現任華人民主書院董事會主席、台灣清華大學人文社會學院客座助理教授，並成立「兩岸民主與文化交流辦公室」，發行《公共知識分子》雜誌。著作有《中華人民共和國史十五講》、《王丹獄中回憶錄》等二十餘種。