1956年出生於湖南邵陽。少時經歷過文革，先後畢業於湖南師範大學與上海復旦大學。並在湖南財經學院、廣州暨南大學任教。後在《深圳法制報》社工作，2001年因政治迫害離開中國，現居美國。著作有《人口：中國的懸劍》、《中國的陷阱》（簡體版出於審查而改名為《現代化的陷阱》），該書在中國及海外好評如潮，引起巨大影響，美國《商業週刊》於1999年6月將何清漣評為「亞洲之星」（50 Leaders at The Forefront of Change，THE STARS OF ASIA）。此書榮獲1999年長江讀書獎，1999年《三聯生活週刊》將她列為25位時代人物之一，稱其「代表了中國改革的良心」。何清漣至海外後，撰寫了《霧鎖中國：中國大陸控制媒體策略大揭秘》，這是目前唯一一本研究中國政府控制媒體的專著，因其資料翔實，受到中國研究界與中國國內新聞業者高度重視。

其著作被譯成日文、英文、德文、韓文等多種語種。現為美國之音專欄作家。