原是一位著名的小說家。2019年，他長銷的成名作《蟬》發行50週年紀念版。1970年，就讀美國艾荷華大學「作家工作坊」期間，開始正式習舞，1973年創立雲門舞集。1983年創辦國立藝術學院（今國立臺北藝術大學）舞蹈系。1999年創立雲門2。2019年年底，林懷民從他主持46年的雲門舞集退休。

他經常從亞洲美學汲取靈感，編創充滿當代意識的舞作，包含《白蛇傳》、《紅樓夢》、《薪傳》、《九歌》、《家族合唱》、《水月》、《流浪者之歌》、《風・影》、《屋漏痕》、《稻禾》以及「行草三部曲」的《行草》、《松煙》、《狂草》等，作品屢獲國際重要媒體選為年度最佳舞作。倫敦泰晤士報讚譽他是「當代最重要的編舞家之一」。

2019年，英國衛報將他的《關於島嶼》選入「21世紀頂尖20舞作」。同年雲門舞集從全球舞團脫穎而出，獲頒英國國家舞蹈獎的最佳舞團獎。

在他的領導下，雲門舞集演遍台灣城鄉，每年舉辦免費戶外演出，每場觀眾數萬，讓雲門舞作進入普羅大眾的生活，成為三四代台灣人的共同記憶。

2013年，林懷民繼瑪莎．葛蘭姆、模斯．康寧漢、碧娜．鮑許、威廉．佛賽之後，獲頒有「現代舞諾貝爾獎」美譽的「美國舞蹈節終身成就獎」。同年，聯合國教科文組織的國際劇場機構邀請他在巴黎舉辦的「國際舞蹈日」，代表全球舞蹈界人士發表獻詞。

林懷民其他的殊榮包括台灣和香港六所大學的榮譽博士，英國三一拉邦音樂與舞蹈學院榮譽院士，菲律賓麥格塞塞獎，美國洛克斐勒三世獎，法國文學藝術騎士勛章，德國舞動國際舞蹈大獎的終身成就獎，國際表演藝術協會卓越藝術家獎，行政院文化獎，蔡萬才台灣貢獻獎，並獲選為時代雜誌「亞洲英雄人物」。

他的文字作品還包括《蟬》（印刻）、《跟雲門去流浪》（大塊文化）、《摩訶婆羅達》（聯合文學）。