1887年生於奧匈帝國維也納附近的埃德伯格（Erdberg），1906年至1910年在維也納大學學習物理與數學，1910年取得博士學位。

1926年提出薛丁格方程式，奠定了量子力學的基礎。1933年，薛丁格與英國物理學家狄拉克（Paul Dirac）因他們對量子力學的貢獻而共同獲得諾貝爾物理學獎。他用以說明量子力學在宏觀條件下的不完備性的「薛丁格貓」思想實驗，甚至成為一般人耳熟能詳的概念。

在頂尖物理學家之中，薛丁格以其學養的深度與廣度著稱。他的著述觸及物理學的許多面向，包括統計力學和熱力學、電介質物理學、色彩理論、電動力學、廣義相對論和宇宙學，並嘗試建立統一場論。薛丁格也在1944年發表了生物學的經典巨著《生命是什麼？》（What is Life?），他在該書從物理學的角度探討遺傳學的問題；當時正值分子生物學起步之際，日後發現DNA結構的華生（James Watson）與克里克（Francis Crick）以及生物學家古爾德（Stephen Jay Gould）都深受其啟發。

薛丁格年輕時廣泛閱讀叔本華作品，深受其影響並進而接觸到奧義書的學說。同時，他也鑽研斯賓諾莎的作品。他曾表示，自己內心最深的願望是成為詩人；在開始學院生涯時，他原本打算一邊講授理論物理學，一邊研究哲學，但未能如願（詳見本書）。薛丁格在哲學的涉獵範圍包括古代和東方哲學、倫理學和宗教等，尤其對意識、心物二元論、感官知覺、自由意志與客觀實在等主題感興趣。

1961年，薛丁格因肺結核病逝於維也納，死後葬於奧地利的阿爾卑巴赫（Alpbach），墓碑上刻著薛丁格方程式。