國立陽明大學醫學系畢業，赴美國賓州費城天普大學附設頭痛中心進修。
現任臺北榮民總醫院副院長、國立陽明交通大學醫學院院長、立陽明交通大學醫學系講座教授。
是台灣唯一出國學習頭痛醫學的神經科醫師，也是亞洲首位獲頒美國頭痛學會頒發Seymour Solomon Presidential Lecture 獎，並發表演說，並發表演說（至今全世界僅有6人獲此獎項）。全球最熱門的慢性偏頭痛研究專家會議，王署君是唯一亞洲代表。
專長是頭痛、失智症、疼痛。

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